Pada masa awal berdirinya Fakultas Pertanian, yaitu sejak 27 September 1946, pelaksanaan kegiatan perkuliahan dilakukan di Klaten dengan menggunakan fasilitas yang sama dengan Perguruan Tinggi Kedokteran di Klaten. Pada saat yang sama didirikan pula Akademi Pertanian di Yogyakarta oleh kementerian yang sama. Letaknya di Bintaran Lor, yang sekarang menjadi Museum Biologi UGM. Pada rentang tahun 1946 sampai 1949 kegiatan perkuliahan tidak berjalan lancar karena suasana perang.
Pada pertengahan tahun 1949, barang-barang penunjang perkuliahan mulai diangkut ke Yogyakarta, mengingat Klaten pada masa itu masih dikuasai oleh NICA. Selanjutnya, didirikanlah Perguruan Tinggi Pertanian oleh Presiden Soekarno pada tanggal 1 November 1949. Perkuliahan diadakan di Kadipaten (Ngasem).
Penggabungan sejumlah perguruan tinggi di Yogyakarta menjadi satu merupakan awal berdirinya Universiteit Negeri Gadjah Mada pada tanggal 19 Desember 1949. Istilah Fakultit Pertanian baru dipakai pada Agustus 1950 dan sebutan Fakultas Pertanian baru diterapkan pada tahun 1956.
Sejak awal, Jurusan Budidaya Pertanian telah menjadi bagian dari Fakultas Pertanian dengan nama “Sectie Bertjotjok Tanam Umum.” Tokoh perintis seksi ini antara lain Prof. Ir. Harjono Danoesastro. Perkuliahan dilaksanakan di Bintaran Lor dan di Kadipaten (Mangkubumen). Guru-guru Besar yang memberi kuliah di bidang ini a.l. Prof. Koesnoto Setyodiwirjo, Jagoes, dan Prof. Ir. van de Goor.
Melalui Keputusan Menteri Pendidikan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan no. 99/1963, sejak tahun 1963 Fakultas Pertanian melepas Bagian Kehutanan menjadi Fakultas Kehutanan dan Jurusan Teknologi Pertanian dan Kultur Teknik menjadi Fakultas Teknologi Pertanian. Semenjak itu, terdapat sepuluh seksi di Fakultas Pertanian yang masing-masing memiliki laboratorium sendiri, dan dibentuk Bagian Perikanan. Tiga di antaranya adalah Seksi Bertjotjok Tanam, Pemuliaan Tanaman, dan Statistika Pertanian, yang pada perkembangannya nanti bergabung menjadi Jurusan Budidaya Pertanian.
Berlakunya sistem Satuan Kredit Semester (SKS) pada 1972 memunculkan sistem multistrata dan terjadi penggabungan seksi-seksi. Ketiga seksi tadi digabung menjadi Departemen Agronomi, dengan dua bagian: Bercocok Tanam dan Seleksi. Program Studi Agronomi (SK Dirjen Dikti 580/Dikti/Kep/1993 tanggal 29 September 1983) pada tingkat S2 dan S3 sebagian besar pengajarnya berasal dari Departemen Agronomi, baik dari Bagian Bercocok Tanam maupun Bagian Seleksi.
Pada tahun 1984, sebutan Departemen Agronomi diubah menjadi Jurusan Budidaya Pertanian, dengan empat program studi: Produksi Tanaman, Ilmu Tanaman, Pemuliaan Tanaman, dan Teknologi Benih. Dua yang pertama kemudian digabung sejak diterapkannya Kurikulum 1994 menjadi Program Studi Agronomi dan dua yang terakhir juga digabung ke dalam Program Studi Pemuliaan Tanaman.